Themen für Praktika, Diplomarbeiten und Dissertationen
Im Bereich Biosimulation sind am Institut für Biomedizinische Computersimulation und Bioinformatik derzeit Diplom-, Master- und Bakkalaureat-Arbeitsthemen zu vergeben. Diese richten sich hauptsächlich an Studentinnen und Studenten mit technischem Hintergrund (Informatik, Medizinische Informatik, Bioinformatik, Mathematik, Physik, ?) aber auch an Studentinnen und Studenten mit naturwissenschaftlichem Hintergrund, die über Programmierkenntnisse verfügen. Konkrete Themen können im Einzelfall angepasst werden. Mögliche Themenstellungen sind:
Pharmakokinetik- und Differentialgleichungs-Modelle
Anwendung der Methode des Simulated Annealing zur nichtlinearen Parameterschätzung bei PET-Tracer Modellen (lfd.)
Vergleichende Bewertung des Zwei-Stufen- und des populationspharmakokinetischen Ansatzes zur Modellierung von PET-Tracerdaten (unter Verwendung der Statistics-Toolbox in MATLAB)
Entwicklung und Implementierung eines Modells zur Pgp-Inhibierung an der humanen Blut-Hirn-Schranke durch Tariquidar
Entwicklung und Implementierung eines Modelles für die Metaboliten ausgewählter PET-Tracer
Stochastische Optimierungsverfahren zur nichtlinearen Parameterschätzung in ausgewählten Differentialgleichungs-Modellen der Biomedizin mit Hilfe der Global Optimization-Toolbox in MATLAB
Stochastische Formulierung und Implementierung ausgewählter Differentialgleichungs-Modelle der Biomedizin Bewerbung (inklusive Lebenslauf) und Rückfragen an: rudolf.karch@meduniwien.ac.at
Molekulare Dynamik
Akut (Abschluss spätestens Mitte September) umsetzbares Projekt mit Publikationsmöglichkeit: Errechnung der Achse einer Alpha-Helix durch 3D-Fit eines Modells (MatLab)
Akut (Abschluss spätestens Mitte September) umsetzbares Projekt mit Publikationsmöglichkeit: Multi-Parameter-Optimierung zur Clusterbildung innerhalb von Bewegungsmustern (Java)
TCR-seitig: CDR Verformungen und Anpassung an pMHC
MHC- seitig: Reaktion von verschiedenen MHC Molekülen auf gleiches Peptide (Verformung)
Entwicklung von Bewertungsmaßen für MD-Simulationen (PCA, Helixverformungen, Splines?)
Relaxieren von MHC, pMHC <=> p + MHC
jSimMacs: Eine grafische interaktive Benutzerschnittstelle für Gromacs (abgeschlossen, S. Roopra (2008))
Interaktive Berechnung und Visualisierung des RMSD und RMSF innerhalb von VMD (abgeschlossen, N. Lederer (2009))
Berechnung der freien Energie in TCRpMHC-Komplexen
Evaluierung und Korrelation von "molecular dynamics"-Simulationen mit "NMR chemical shift mapping"-Daten am Beispiel vom TCRpMHC (vergeben, R. Ribarics)
Normalschwingungsanalyse für TCRpMHC-Interaktionen (abgeschlossen, S. Wurzer (2010))
Vergleich von agonistischen gegen antagonistische TCRpMHC-Komplexe anhand von Langzeitmolekulardynamiksimulationen
Strukturelle Reaktion von MHCs auf Mutationen in hochkonservierten Regionen
Essentail Dynamics loader für VMD
Spline Implementierung für VMD
Applikationen von DynDom in TCRpMHC
Evaluierung von Relaxationsmustern (orig, newWater, oldWater) zum Zweck der Simulationszeitverkürzung von APLs Bewerbung (inklusive Lebenslauf) und Rückfragen an:wolfgang.schreiner@meduniwien.ac.at
Bindungsbewertung
Strukturbasierte empirische pMHC Scoringfunktion
Detailevaluierung von struktur- und sequenzbasierten pMHC Bindungsfunktionen im Rahmen eines GAs (abgeschlossen, V. Giczi (2010))
Pharmacophore Modelle für (TCR)pMHC
Protein-Protein Docking von wet-lab relevanten Strukturen
Kombination verschiedener Scoringfunktionen zur Berechnung einer Konsensusbewertung Bewerbung (inklusive Lebenslauf) und Rückfragen an:wolfgang.schreiner@meduniwien.ac.at
